De belastingdienst kent een keuze uit 3 methoden:
Voor het bepalen van uw vrije ruimte en het toetsen van uw vergoedingen en verstrekkingen aan die vrije ruimte kent de belastingdienst  3 methoden:

1. U schat uw vrije ruimte op basis van het voorafgaande kalenderjaar, u toetst gedurende het lopende jaar en u herrekent na afloop van het jaar.
2. U schat uw vrije ruimte op basis van het afgelopen kalenderjaar, u toetst per aangiftetijdvak van het lopende jaar en u herrekent na afloop van het jaar.
3. U berekent uw vrije ruimte per aangiftetijdvak van het lopende kalenderjaar en u toetst ook per aangiftetijdvak van het lopende jaar.

Nmbrs® kunt u deze 3 methoden automatisch laten toepassen:
De vrije ruimte is 1,4% van het totale fiscale loon van uw werknemers. Op bedrijfsniveau kunt u het totale fiscale loon invoeren van voorafgaand kalenderjaar. In uw loonmodel bepaalt u welke werkkostenvergoedingen u in de vrije ruimte gaat onderbrengen. Vervolgens maakt u een keuze uit één van de volgende methoden:

1. Methode 1: 
2. Methode 2: 
3. Methode 3:

Let op: Nmbrs® berekent de eindheffing Werkkostenregeling automatisch! U dient zorgvuldig de werkkosten die normalitair slechts worden bijgehouden in uw financiele administratie in te boeken in Nmbrs® op het bedrijfslooncomponent "Werkkosten uit financiële administratie" (5670).

Methode 1

Methode 1 werkt als volgt: Ieder tijdvak worden de cumulatieve werkkosten vergeleken met vrije ruimte o.b.v. volledige Fiscaalloon voorgaand jaar, laatste periode herrekenen o.b.v. totaal gemaakte werkkosten / totaal fiscaalloon huidig jaar.

1. Nmbrs® neemt 1,4% van het totale fiscale loon van het voorafgaande kalenderjaar (ingevuld bij salarisinstellingen).
2. Nmbrs® toetst automatisch iedere periode gedurende het lopende jaar of de werkkostenvergoedingen (grondslag 10060) binnen de vrije ruimte blijft, waarbij de vrije ruimte wordt bepaald door 1.4% van totale fiscale loon van het voorafgaande kalenderjaar. 
3. Pas nadat de cumulatieve werkkostenvergoeding boven de totale vrije ruimte uitkomt berekent Nmbrs® 80% eindheffing en verwerkt deze in loonaangifte.
4. In de laatste run van het kalenderjaar (nadat alle medewerkers zijn verwerkt) berekent Nmbrs® de werkelijke vrije ruimte op basis van het feitelijke totale fiscale loon van huidig jaar.
5. Nmbrs® toetst de werkkostenvergoedingen aan deze werkelijke vrije ruimte van huidig jaar (1,4% van het totale fiscale loon tot en met deze laatste run van het huidige kalenderjaar.
6. Nmbrs® verrekent de eindheffing over het positieve of negatieve verschil direct in uw aangifte van de laatste aangifte periode van huidig kalenderjaar: is de vrije ruimte groter dan de werkkostenvergoedingen, dan krijgt u 80% eindheffing over het verschil terug; is de vrije ruimte kleiner, dan moet u alsnog 80% eindheffing over het verschil betalen.

Methode 1 is aan te raden als u pieken verwacht in de werkkostenvergoedingen die u in de vrije ruimte gaat onderbrengen. U voorkomt hiermee onnodige eindheffing. Ook spreidt u met deze methode pieken in de loonsom, bijvoorbeeld door veranderingen in uw personeelsbestand en uitbetaling van vakantiegeld of een dertiende maand. De meeste werkgevers zullen kiezen voor deze methode. Als uw werkkostenvergoedingen echter maandelijks nagenoeg hetzelfde zijn, en u maandelijks boven de vrije ruimte uitkomt kunt u echter wellicht beter kiezen voor methode 2 voor een betere spreiding van de lasten.

Voorbeeld methode 1
Het is 2011. In Nmbrs® vult u een fiscaal loon 2010 in van € 5,25 miljoen op bij de salarisinstellingen op bedrijfsniveau, en u kiest voor methode 1. De geschatte vrije ruimte in 2011 is: 1,4% van € 5,25 miljoen = € 73.500.

Als u binnen de vrije ruimte blijft
Op 31 december 2011 hebt u in totaal € 63.500 aan werkkostenvergoedingen in de vrije ruimte ondergebracht. U hebt de vrije ruimte van € 73.500 niet overschreden en hoeft dus geen eindheffing te betalen. Het saldo van de vrije ruimte (€ 10.000) kunt u overigens niet gebruiken voor loontijdvakken van 2012.

Als u boven de vrije ruimte uitkomt
Tot september 2011 hebt u in totaal € 68.500 aan vergoedingen en verstrekkingen in de vrije ruimte ondergebracht. In september komt daar € 15.000 bij. Nmbrs® zal in september berekenen dat u over € 10.000 (€ 83.500 - € 73.500) 80% eindheffing moet betalen. Op de aangifte van september vindt u € 8.000 Eindheffing Werkkostenregeling. (80% van € 10.000). Omdat de geschatte vrije ruimte in september is overschreden, zal Nmbrs® ook 80% eindheffing berekenen over alle werkkostenvergoedingen van oktober, november en december.

Herrekenen bij een hoger werkelijk fiscaal loon
Op 31 december 2011 hebt u een hoger fiscaal loon dan op 31 december 2010. De werkelijke vrije ruimte blijkt € 83.500 te zijn. In 2011 hebt u ook € 83.500 aan werkkostenvergoedingen in de vrije ruimte ondergebracht. Nmbrs® zal de te veel betaalde eindheffing berekenen bijvoorbeeld € 10.000 (€ 83.500 - € 73.500) is € 8.000 (80% van € 10.000). En Nmbrs® verrekent dit bedrag in uw aangifte loonheffingen over deze laatste periode van dit jaar.

Herrekenen bij een lager werkelijk fiscaal loon
Op 31 december 2011 hebt u een lager fiscaal loon dan op 31 december 2010. De werkelijke vrije ruimte blijkt € 63.500 te zijn. In 2011 hebt u € 73.500 aan werkkostenvergoedingen in de vrije ruimte ondergebracht. Nmbrs® zal in de berekening van de laatste run van het jaar automatisch een correctie eindheffing werkkosten berekenen. In dit voorbeeld zal Nmbrs® de aangifte loonheffingen over december 2011 over € 10.000 (€ 73.500 - € 63.500) 80% eindheffing berekenen. En Nmbrs® vermeldt dus € 8.000 eindheffing (80% van € 10.000) in deze laatste aangifte.

Methode 2

Methode 2 werkt als volgt: Ieder tijdvak gemaakte werkkosten vergelijken met vrije ruimte o.b.v. gemiddeld Fiscaalloon voorgaand jaar, laatste periode herrekenen o.b.v. totaal gemaakte werkkosten / totaal fiscaalloon huidig jaar.

1. Nmbrs® neemt 1,4% van het totale fiscale loon van het voorafgaande kalenderjaar (zoals ingevuld bij salarisinstellingen) en deelt dit door het aantal aangiftetijdvakken van het lopende kalenderjaar. Zo ontstaat de gemiddelde vrije ruimte per aangiftetijdvak.
2. Nmbrs® toetst gedurende het lopende jaar of de werkkostenvergoedingen binnen deze gemiddelde vrije ruimte blijven.
3. Indien de werkkostenvergoeding boven de gemiddelde vrije ruimte uitkomt berekent Nmbrs® 80% eindheffing en verwerkt deze direct in de aangifte van deze periode.
4. In de laatste run van het kalenderjaar (nadat alle medewerkers zijn verwerkt) berekent Nmbrs® de werkelijke vrije ruimte op basis van het feitelijke totale fiscale loon van huidig jaar.
5. Nmbrs® toetst de werkkostenvergoedingen aan deze werkelijke vrije ruimte van huidig jaar (1,4% van het totale fiscale loon tot en met deze laatste run van het huidige kalenderjaar.
6. Nmbrs® verrekent de eindheffing over het positieve of negatieve verschil direct in uw aangifte van de laatste aangifte periode van huidig kalenderjaar: is de vrije ruimte groter dan de werkkostenvergoedingen, dan krijgt u 80% eindheffing over het verschil terug; is de vrije ruimte kleiner, dan moet u alsnog 80% eindheffing over het verschil betalen.

Met methode 2 spreidt u eventuele pieken in de loonsom, bijvoorbeeld door veranderingen in uw personeelsbestand en uitbetaling van vakantiegeld of een dertiende maand. Als uw werkkostenvergoedingen maandelijks nagenoeg hetzelfde zijn en boven de vrije ruimte uitkomen kunt u kiezen voor methode 2 om een betere spreiding van uw lasten te realiseren.

Voorbeeld methode 2
Het is 2011. In Nmbrs® vult u een totaal fiscaal loon 2010 in van € 5,25 miljoen bij de salarisinstellingen op bedrijfsniveau, en u kiest voor methode 2. 1,4% van € 5,25 miljoen = € 73.500. U hebt een aangiftetijdvak van een maand. De geschatte vrije ruimte per maand voor 2011 is dan € 6.125 (€ 73.500 : 12).

Als u boven de maandelijkse vrije ruimte uitkomt
In maart 2011 brengt u € 7.125 aan werkkostenvergoedingen onder in de vrije ruimte. Nmbrs® zal over € 1.000 (€ 7.125 - € 6.125) 80% eindheffing berekenen. U betaalt € 800 belasting (80% van € 1.000)  in de loonaangifte van maart 2011.

Als u binnen de maandelijkse vrije ruimte blijft
In juli 2011 brengt u € 2.125 aan werkkostenvergoedingen onder in de vrije ruimte. U overschrijdt de vrije ruimte van € 6.125 niet en Nmbrs® zal in juli dus geen eindheffing berekenen. Let op: U kunt het saldo van € 4.000 niet gebruiken voor de aangiftetijdvakken van augustus tot en met december 2011.

Herrekenen bij een hoger werkelijk fiscaal loon
Op 31 december 2011 hebt u een hoger fiscaal loon dan op 31 december 2010. De werkelijke vrije ruimte blijkt € 83.500 te zijn. In 2011 hebt u ook € 83.500 aan werkkostenvergoedingen in de vrije ruimte ondergebracht. Nmbrs® zal de te veel betaalde eindheffing berekenen bijvoorbeeld € 10.000 (€ 83.500 - € 73.500) is € 8.000 (80% van € 10.000). En Nmbrs® verrekent dit bedrag in uw aangifte loonheffingen over deze laatste periode van dit jaar.

Herrekenen bij een lager werkelijk fiscaal loon
Op 31 december 2011 hebt u een lager fiscaal loon dan op 31 december 2010. De werkelijke vrije ruimte blijkt € 63.500 te zijn. In 2011 hebt u € 73.500 aan werkkostenvergoedingen in de vrije ruimte ondergebracht. Nmbrs® zal in de berekening van de laatste run van het jaar automatisch een correctie eindheffing werkkosten berekenen. In dit voorbeeld zal Nmbrs® de aangifte loonheffingen over december 2011 over € 10.000 (€ 73.500 - € 63.500) 80% eindheffing berekenen. En Nmbrs® vermeldt dus € 8.000 eindheffing (80% van € 10.000) in deze laatste aangifte.

Methode 3

Methode 3 werkt als volgt:Iedere tijdvak gemaakte werkkosten vergelijken met vrije ruimte o.b.v. werkelijke Fiscaalloon dit tijdvak, laatste periode geen herrekening o.b.v. totaal gemaakte werkkosten / totaal fiscaalloon huidig jaar.

1. Nmbrs® neemt 1,4% van het fiscale loon per aangiftetijdvak van het lopende kalenderjaar
2. Nmbrs® toets per aangiftetijdvak of de werkkostenvergoedingen binnen deze maandelijkse vrije ruimte blijven. Over het bedrag dat boven de vrije ruimte uitkomt berekent Nmbrs® 80% eindheffing en verwerkt deze in uw aangifte.
3. Er vindt geen herberekening plaats in de laatste periode, en onbenutte vrij ruimte kan niet worden benut in een ander aangifte tijdvak.

Deze methode moet u verplicht toepassen wanneer u kiest voor de WKR, maar in 2010 niet aangifteplichtig was en dus geen jaarloon heeft om aan te refereren. Een nadeel van methode 3 is dat u grote kostenposten niet volledig belastingvrij kunt vergoeden. Ook moet u met deze methode per aangiftetijdvak rekening houden met wisselende loonsombedragen door bijvoorbeeld veranderingen in uw personeelsbestand en uitbetaling van vakantiegeld of een dertiende maand. Bovendien mag u het bedrag waarmee u uw vrije ruimte overschrijdt, niet doorschuiven naar volgende aangiftetijdvakken waarin u misschien vrije ruimte overhoudt. En u mag ook niet herrekenen.

Voorbeeld methode 3
U hebt een aangiftetijdvak van een maand. U berekent elke maand de vrije ruimte.

Als u boven de maandelijkse vrije ruimte uitkomt
In februari 2011 is het totale fiscale loon € 437.500. Uw vrije ruimte in deze maand is € 6.125 (1,4% van € 437.500). U brengt in februari € 7.125 aan vergoedingen en verstrekkingen in de vrije ruimte onder. Nmbrs® zal over € 1.000 (€ 7.125 - € 6.125) 80% eindheffing berekenen. U betaalt € 800 belasting (80% van € 1.000).

Als u binnen de maandelijkse ruimte blijft
In mei 2011 is het totale fiscale loon € 472.500. Uw vrije ruimte in deze maand is € 6.615 (1,4% van € 472.500). U brengt in mei € 6.125 aan vergoedingen en verstrekkingen in de vrije ruimte onder. U overschrijdt de vrije ruimte niet en u hoeft in mei dus geen eindheffing te betalen. U kunt het saldo van € 490 (€ 6.615 - € 6.125) niet gebruiken voor juni 2011 of latere aangiftetijdvakken.